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 江苏省人民医院
 特色专科: 专科设置齐全，特色有：心血管科、内分泌科、呼吸科、消化科、肾脏科、血液科、老年医学科、普外科、肝脏外科、骨科、泌尿外科、神经外科、心胸外科、皮肤性病科、眼科、感染科、耳鼻咽喉科、妇产科、急诊医学科、康复科、肿瘤科、临床生殖中心 三甲 江苏省
 南京医科大学第二附属医院
 特色专科: 中子刀中心、生殖助孕中心、细胞刀中心、内窥镜中心、眼科中心、儿科、神经内科、妇产科、普外科、心血管科、消化科、骨科、烧伤整形外科、耳鼻咽喉头颈外科、血液肿瘤科、小儿外科等 三级 江苏省
 南京医科大学附属口腔医院
 特色专科: 口腔预防科、口腔颌面外科、正颌外科等 三级 江苏省
 江苏省中医院
 特色专科: 心血管科、神经科、肛肠科、呼吸科、血液科、风湿科、消化科、肿瘤科、普外科、脑外科、泌尿外科、妇科、儿科、骨伤科、针灸科、推拿科、口腔科、皮肤科、急诊科、中医肾病、眼科、耳鼻咽喉科、男科等 三甲 江苏省
 江苏省中医药研究院
 特色专科: 三级 江苏省
 中国医学科学院皮肤病研究所（医院）
 特色专科: 皮肤科、性病科、真菌科、激光中心科等 三级 江苏省
 江苏省肿瘤医院江苏省肿瘤防治研究所
 特色专科: 肺癌科、食道癌科、鼻咽癌科、放射治疗科、胸外科、妇科等 三甲 江苏省
 江苏省省级机关医院
 特色专科: 未知 江苏省
 南京医科大学附属南京第一医院南京市第一医院
 特色专科: 普外科、心胸外科、放射免疫检测中心、麻醉科、肿瘤中心、心内科、放射影像科、急诊中心 三甲 江苏省
 江苏省第二中医院南京中医药大学附属第二医院
 特色专科: 未知 江苏省
 南京大学医学院附属鼓楼医院南京市鼓楼医院南京市红十字医院
 特色专科: 麻醉科、泌尿外科、消化内科、血管科、肝胆外科、脊柱外科、呼吸内科、妇产科、骨科、急诊医学科、免疫科 三甲 江苏省
 南京市第三医院
 特色专科: 二甲 江苏省
 南京市中医院
 特色专科: 肛肠科、心血管科、骨伤科、针灸科、脑血管科、妇科 三甲 江苏省
 南京市中西医结合医院南京市钟山医院
 特色专科: 泌尿外科、血液内科、内分泌科等 二甲 江苏省
 南京市妇幼保医院
 特色专科: 妇科、产科、儿科等 三甲 江苏省
 江苏省妇幼卫生保健中心
 特色专科: 妇科、产科、儿科、内科、外科、眼科、口腔科、中医科 未知 江苏省
 南京市儿童医院
 特色专科: 新生儿内科、小儿心胸外科等 三甲 江苏省
 南京市金陵儿童医院
 特色专科: 未知 江苏省
 南京市传染病医院南京市第二医院
 特色专科: 传染病科、感染性疾病、肿瘤病科、老年病科等 三级 江苏省
 南京市口腔医院南京大学医学院附属口腔医院
 特色专科: 口腔颌面外科、口腔内科、口腔修复、口腔正畸科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔粘膜科、耳鼻咽喉、医学整形美容等 三级 江苏省
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